纯大豆异黄酮是无色的晶体物质。染料木黄酮为无色片状结晶，黄豆苷元为无色针状结晶。工业上的大豆异黄酮产品为白色或淡黄色粉末。大豆异黄酮与豆制品的苦涩味和收敛性有关，游离型的苷元（尤其是染色木黄酮和黄豆苷元）比其糖苷化合物具有更强的不愉快风味。合成的黄豆苷元的熔点为320-321℃（分解），合成的染料木黄酮的熔点为295-296℃，合成的以及从大豆胚芽中提取的黄豆黄素的熔点为337-339℃。 [3]

大豆异黄酮中只有葡萄糖苷配基即游离型苷元的生物活性，大豆异黄酮中的共轭苷在热和碱性条件下可以水解去掉丙二酰基和乙酰基而转化成葡糖苷。碱水解条件pH值为8-13，水解程度随pH值及温度的升高而加大。大豆异黄酮中的葡糖苷在强酸高温或酶存在的条下可水解去掉葡萄糖基而转变成葡萄糖苷配基形式。酶解法所采用的酶为β-葡萄糖苷酶，水解适合条件以酶的活性为准。